أهم الصعوبات التي تعترض دراسة المنظمات

1.  التعقيد والاعتمادية أي منظمة تتكون من أجزاء فرعية تؤثر كل منها على الأخر ولا ينجح إذا فرع لم يعمل بشكل فعال.

2.  المنظمة نظام اجتماعي مفتوح أي تعمل المنظمات ضمن نظام واسع ومتنوع الأنشطة وتتفاعل باستمرار مع أنظمة أخري وتتأثر بالعوامل السياسية والاقتصادية والفنية وغيرها.

3.  تعدد الأغراض والأهداف للمنظمة حيث مستوياتها الثلاث الفرد – الجماعة – المنظمة لهم أهدافهم الخاصة وحاجاتهم.

4.  الفجائية صعب توقع نتائج القرارات والمبادرات في المنظمات بصورة دقيقة ممكن أحيانا تسبب الانهيار.

5.  الخداع بعض المنظمات تلجأ للتضليل والتمويه لاعتقادهم انه البديل الأخلاقي الوحيد.

6.  المنظمات غامضة ومن الصعب معرفة ما يجري ما يجري في المنظمات من مستشفيات وجامعات وغيرها أحيانا عدم معرفة المشكلة بدقة أو نقص بالمعلومات وغيره.